De acordo com o estatuto social do ISMAC, no Art. 24, Parágrafo Único. A Diretoria terá autonomia para criar outras coordenadorias para atender as necessidades organizacionais, podendo ainda extingui-las quando julgar necessário.
Desta forma, os setores, centros e departamentos do ISMAC segue a seguinte estrutura:
- Presidência;
- Centros e departamentos:
- Centro de Apoio Educacional Especializado (CAEE);
- Centro de Referência em Reabilitação Visual de Mato Grosso do Sul (CRRV/MS);
- Ensino de Jovens e Adultos “Escola Nazaret Mendes” (EJA);
- ÁGORA BRASIL Regional Centro-oeste;
- Departamento de Esportes.
- Secretaria da presidência;;
- Prestação de contas;
- Financeiro e contribuições;
- Recepção;
- Setores de limpeza e cozinha.